Počas Bocskayovho povstania bol Cífer opätovne decimovaný. V roku 1605 sú v obci iba dva domy a údaje z roku 1609 svedčia o úplnom zničení
obce. Od tohto roku sa však začalo vracať naspäť do obce obyvateľstvo a postupne rástol aj jeho počet. Ďalšia pohroma postihla obec v
roku 1638. Na hornom konci vypukol 12. marca požiar, ktorý sa rozšíril na celú obec. Nezhoreli iba mlyny na Gidre a Majtthényovský
kaštieľ, ktorý bol dosť ďaleko od obce.


